國家統計局企業調查總隊2003年底的專項調查顯示，高達九成左右的企業認為，出口退稅機制改革利大于弊，從長遠來看，將對完善外貿體制、提高企業核心競爭力等方面產生深刻的積極影響。 他們認為，出口退稅機制改革首先可以有效地促進國民經濟持續快速健康發展。出口退稅機制改革后，由中央和地方財政按比例共同負擔出口退稅，將使中央財政的出口退稅壓力逐年減緩，并保證中央財政實力逐年增強，從而使更多財力投入到基礎設施建設等更重要經濟領域中，促進國民經濟持續快速健康發展。

　　 同時，由中央和地方按一定比例負擔出口退稅的辦法，是與我國財政管理體制相一致的，可以保證出口退稅資金的來源，既減輕了中央財政的壓力，又可保證企業能夠及時拿到出口退稅資金。這一方面有利于樹立政府講信用、重信用的形象，另一方面有利于企業將及時拿到的出口退稅資金運用到加大企業科技投入、優化出口產品、提高企業出口產品技術含量等方面去，提高企業在國際市場上的整體競爭力。 其次，新的出口退稅機制既可以促進出口產品結構的調整，又有利于保護資源，更重要的是與我國產業政策緊密銜接，對深化產業結構調整將起到重要的促進作用。絕大多數企業認為，改革出口退稅機制，有利于提升一批企業、淘汰一批企業，增強企業自身改革、調整企業產品結構、提高企業產品檔次的緊迫感，有效促進企業積極、主動投入到企業改革的大潮中，從而逐步達到產業結構調整的目的。 再次，改革出口退稅機制，有利于深化外貿體制改革、充分調動企業走向國際市場的積極性。

　　通過改革，可以調動企業通過外貿代理制和自營出口擴大出口的積極性，推動我國外貿代理制和企業自營出口的發展，能夠建立起積極、穩定的外貿促進機制，進一步形成便利、公平的外貿出口運營環境。同時，還可降低市場主體的各種交易成本和制度成本。 接受調查的一些企業同時也認為，此次改革不可避免地會使一些局部利益和個體利益受損，會給部分企業帶來一定負面影響，如會使部分企業的生產成本增加從而影響出口、會使內需不足的國內市場壓力增加、會產生新的“異地出口”退稅問題等等。對此，各級政府及有關部門應盡快制定各種應對措施，加大配套政策制定力度，加大協調和監管力度，努力為企業做好服務工作；而企業本身也應以積極姿態主動應對，最大可能地消除負面影響。