條例共分六章六十三條，分別為總則、進口商品的檢驗、出口商品的檢驗、監督管理、法律責任、附則。條例自２００５年１２月１日起施行。１９９２年１０月７日國務院批準、１９９２年１０月２３日原國家進出口商品檢驗局發布的《中華人民共和國進出口商品檢驗法實施條例》同時廢止。

　　條例規定，國家質檢總局應當依照《中華人民共和國進出口商品檢驗法》（以下簡稱商檢法）第四條規定，制定、調整必須實施檢驗的進出口商品目錄并公布實施。目錄應當至少在實施之日３０日前公布；在緊急情況下，應當不遲于實施之日公布。

　　條例規定，國家質檢總局建立進出口商品風險預警機制，通過收集進出口商品檢驗方面的信息，進行風險評估，確定風險的類型，采取相應的風險預警措施及快速反應措施。質檢總局和出入境檢驗檢疫機構應當及時向有關方面提供進出商品檢驗方面的信息。

　　條例規定，除法律、行政法規另有規定外，法定檢驗的進口商品經檢驗，涉及人身財產安全、健康、環境保護項目不合格的，由出入境檢驗檢疫機構責令當事人銷毀，或者出具退貨處理通知單并書面告知海關，海關憑退貨處理通知單辦理退運手續；其他項目不合格的，可以在出入境檢驗檢疫機構的監督下進行技術處理，經重新檢驗合格的，方可銷售或者使用。出入境檢驗檢疫機構對檢驗不合格的進口成套設備及其材料，簽發不準安裝使用通知書。經技術處理，并經出入境檢驗檢疫機構重新檢驗合格的，方可安裝使用。

　　條例規定，國家對進出口食品生產企業實施衛生注冊登記管理。獲得衛生注冊登記的出口食品生產企業，方可生產、加工、儲存出口食品。獲得衛生注冊登記的進出口食品生產企業生產的食品，方可進口或者出口。

　　條例規定，出入境檢驗檢疫機構對進出保稅區、出口加工區等海關特殊監管區域的貨物以及邊境小額貿易進出口商品的檢驗管理，由國家質檢總局商海關總署另行制定辦法。